Pra quem, assim como eu, prefere modelar o banco da forma tradicional ao invés de criar através das entities.
Considerando que:
– O namespace aonde vão ser gravadas as entities é Application\\Entity\
– As entities vão ser gravadas em module/Application/src/Application/Entity/
./vendor/doctrine/doctrine-module/bin/doctrine-module orm:convert-mapping --force --namespace="Application\\Entity\\" --from-database annotation ./module/Application/src/Application/Entity/ ./vendor/doctrine/doctrine-module/bin/doctrine-module orm:generate-entities ./module/Application/src/Application/Entity/ --generate-annotations=true