Esse erro maldito do zendstudio/eclipse ocorre quando ele é fechado inesperadamente, seja um kill no processo principal ou um desligamento incorreto, aonde, na inicialização da IDE, é apresentado um dialogbox pedidndo pra verificar o arquivo de log.
Pra resolver o problema é bem fácil, basta remover o arquivo:
rm /home/USUARIO/Zend/workspaces/DefaultWorkspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.snap